Desa Cilibur merupakan salah satu dari 12 desa di wilayah Kecamatan Paguyangan, Kabupaten Brebes. Terletak 14 Km ke arah timur laut dari kota kecamatan. Desa Cilibur mempunyai luas wilayah seluas 642,205 hektar, dengan ketinggian sekitar 450m sampai dengan 1200m diatas permukaan laut.

Sampai saat ini sejarah kelahiran Desa Cilibur belum bisa diketahui secara pasti, karena tidak adanya bukti-bukti tertulis yang menerangkan tentang asal usul atau sejarah dari Desa Cilibur. Akan tetapi berdasarkan cerita dari para Panisepuh (orang tua) yang memang cerita sudah melegenda dari turun temurun bahwa Desa Cilibur dahulunya merupakan hutan belantara yang kemudian menjadi sebuah pemukiman. Ini bermula dengan datangnya para prajurit Raja Brawijaya V alias Prabu Kertabhumi, dengan tapak tilas yang sampai saat ini masih bisa kita jumpai peninggalan-peninggalanya di hutan lindung Candi Pangkuan Desa Cilibur. Para prajurit Majapahit itu antara lain: 

• Rana Manggala
• Jaga Dwipa
• Dipa Leksana
• Karta Djaya
• Sura Widjaya

Kemudian para rombongan ini banyak menetap menguasai wilayah tersebut. Ditempat tersebut mereka gunakan untuk tapa brata dimana kelak dikemudian hari tempat tersebut menjadi sebuah area Hutan Lindung yang dikenal dengan nama Candi Pangkuan. 

Adapun untuk pengikut yang lain kemudian berkembang di wilayah sekitarnya sehingga menjadi beberapa kelompok perdukuhan di sebelah selatan Sungai Longkrang antara lain pedukuhan yang dinamai dengan Bahasa jawa yaitu Wates, Karang Kemiri, Beran, Munggang Kadi, Munggang sari, Karang gandul, Pekuncen, Jeruk Jingga, Ancik  dan kemudian dipercaya dimakamkan di Candi Pangkuan. Sebagian menjaga perbatasan desa yaitu di Dukuh Wates tepatnya Kubang Dringo yang mana sampai saat ini dipercaya Sebagian masyarakat masih ada penampakan orang Majapahit di sekitarnya. 

Setelah adanya orang dari Majapahit berkembang di wilayah ini maka wilayah inipun banyak dikenal di peradaban nusantara, sehingga setelah Majapahit runtuh seiring perkembangan masuknya agama Islam di akhir abad 15 Masehi datanglah utusan dari Kerajaan Pajajaran yang dipimpin Begawan Kartaredja dengan pengikutnya antara lain:, 

• Krama Diwirya
• Raksa Wijaya alias Cadirana
•  Mertha Dirana
• Wangsareja (Mbah Luhur Kahuripan)
• Mertareja
• Artha Taruna

Utusan ini masuk di bagian utara Sungai Kali Longkrang dan berdiam disuatu tempat yang ada sumber airnya, disinilah cikal bakal Desa Cilibur dimulai yaitu dari sebuah pedukuhan atau Gampong yang ada mata air di tengahnya sehingga orang menyebutnya dalam Bahasa Sunda “Gampong nu aya caina di Lembur” dan tempat tersebut pada saat ini menjadi sebuah dusun yaitu dengan nama Gempong. Setelah beberapa decade utusan ini berkembang menjadi beberapa kelompok masyarakat dan menguasai wilayah disekitarnya dan menamai pedukuhan kekuasaannya dalam Bahasa sunda yaitu pedukuhan, Ciduwo, Dukuh Benda, Cipajeg, Legok Krajan, Ciklenteng, Ciranggon, Gempong, Igir Luhur yang sekarang menjadi Igirtuhur, Kumambang dan Leuweung / Luwung yang berarti hutan. Yang mana dipimpin oleh penguasa Begawan Karta Reja yang berdiam di Gampong dengan ciri Cai Lembur (sumber air dirumah) kemudian dikenal Cilibur.

Pada masa Kolonial Belanda yaitu di awal abad 19 dibentuklah sebuah pemerintahan desa dimana wilayah Geografisnya adalah gabungan wilayah selatan dan utara sungai Kali Longkrang dan dinamai sebagai Desa Cilibur di pimpin oleh seorang Kuwu/Kepala Desa bernama Kastidjan yang berasal dari dukuh Kumambang.
Pada masa kolonial belanda Cilibur menjadi salah satu wilayah yang sangat strategis bagi para pejuang dalam melakukan perang memperjuangkan dan mempertahankan kemerdekaan, diperkuat dengan adanya Kamp Militer dari tentara perjuangan atau penduduk setempat mengenalnya dengan istilah Tangsi Militer berkedudukan di sebuah lokasi yang sekarang digunakan untuk Lokasi Pendidikan yaitu SD Negeri Cilibur 1, SMK Muhammadiyah, dan Madrasah Diniyah, oleh karena itu di Cilibur juga menjadi pusat pengungsian dari luar daerah yang kebanyakan berasal dari Sidareja, Ciamis, Pangandaran dan desa sekitarnya.

Desa Cilibur sudah mengalami beberapa kali pergantian Kuwu, Lurah dan sesuai regulasi terbaru di wilayah Kabupaten Brebes dengan sebutan Kepala Desa.

Berikut kami sajikan nama-nama Lurah atau Kepala Desa Cilibur dari tahun ke tahun yang Tim redaksi dapatkan dari Data arsip profil desa Pemerintah Desa Cilibur:

PERIODE	NAMA KEPALA DESA
1932 – 1943	Kastidjan
1943 – 1947	Muhammad Moechtar
1947 - 1970	Atmo Sasmito
1970 – 1978	Warto
1978 – 1981	Sakri
1981 – 1988	Murdiyanto
1988 - 1992	Muhammad Muslim Mukhtar
1992 – 2000	Bambang Milokoco
2000 – 2008	Suwargi
2008 - 2014	Sukirno
2014 - 2016	2 Tahun Penjabat sementara Tohimin
2016 - 2022	Tohimin
2022 - Sekarang	Nur Rohman, S.H